library(ggplot2)
#dyn.load("test/Rprobit.so")
#dyn.load("test/IBIS.so")
#dyn.load("test/Rprob_separated.so")
#dyn.load("test/Rinterface.so")
dyn.load("test/RPoisson.so")
#dyn.load("test/Rmoral.so")
#dyn.load("test/RIBIS.so")
#source("~/Documents/Memoire/src/Generate.R")
source("Generate_count2.R")
M<-10000
ft<-function()
{
#p<-8
#n<-200
#library(MASS)
#X<-as.matrix(Pima.tr[,1:7])
#Y<-as.numeric(Pima.tr[,8])
#Y[Y==1]<-0
#Y[Y==2]<-1
#X<-X
#v<-apply(X,2,sd)
#m<-apply(X,2,mean)
#X<-t(apply(t(apply(X,1,"-",m)),1,"/",v))
#X<-cbind(1,X)
#source("R/Generate_Credit.R")
theta<-matrix(0, nrow=M,ncol=p)
w<-matrix(0, nrow=M,ncol=1)
t=proc.time()
res1<-.C("IBIS", as.integer(M),as.integer(n),as.integer(p),as.double(Y), as.double(X),res=as.double(theta), W=as.double(w),phi=as.double(rep(0,100000)),acc=as.double(rep(0,100000)))
cat("\n");cat("time: ")
cat((proc.time()-t))
phi<-matrix(res1$phi[res1$phi!=0],nrow=1)
acc<-matrix(res1$acc[res1$acc!=0],nrow=1)
res<-matrix(res1$res,nrow=M)
return(list(res,res1$W,phi,acc))
}
read<-function()
{
	x<-read.table("Tempering.txt")
	x<-as.matrix(x)
	x<-rbind(x,E[,1])
	X<-as.data.frame(x)
	c<-ggplot(X,aes(x=as.vector(x)))+geom_density(aes(fill=factor(as.vector(matrix(rep(1:nrow(x),M),nrow=M)))),alpha=0.2)
	pdf("test.pdf")
	c+opts(legend.position = "none",axis.line=theme_blank(),axis.title.x=theme_blank(),axis.title.y=theme_blank())
	dev.off()
}

#pdf("acc.pdf")
#for(i in 1:10)
#{
#res<-ft()
#if(i==1)
#{
#plot(cumsum(res[[3]][1,]),type="l",xlim=c(0,60),ylim=c(0,1))
#}else{
#	lines((res[[4]][1,]),col=i)
b<-matrix(0,nrow=10,ncol=p)
i<-1
for(i in 1:1)
{
res<-ft()
b[i,]<-apply(res[[1]]*res[[2]]/M,2,sum)
cat("loop ")
cat(i)
}
#write.table(b,"res_smc_pima_cross.txt")

source("rsample.R")
index<-Rsample(M,res[[2]],1:M)
E<-res[[1]][index,]
#}
#}
#dev.off()
#dyn.unload("test/Rprob_separated.so")
#dyn.load("test/RIBIS.so")
#dyn.unload("test/Rmoral.so")
#dyn.unload("test/Rinterface.so")
dyn.unload("test/RPoisson.so")
#dyn.unload("test/Rprobit.so")
#dyn.unload("test/IBIS.so")
